Vaikka sekä isopropanoli että etanoli-isopropanoli koostuvat hiilestä, vedystä ja hapesta, niiden molekyylirakenteet vaihtelevat. Isopropanolin molekyylikaava on CH3CH2CH2OH, mikä tekee siitä tyydyttyneen kolmen-hiilisen orgaanisen yhdisteen, kun taas etanolin isopropanolin molekyylikaava on (CH3)2CHOH, mikä tekee siitä orgaanisen yhdisteen, joka sisältää yhden kiraalisen hiiliatomin.
Kiehumispisteet vaihtelevat: Isopropanoli kiehuu 97,2 asteessa, kun taas etanoli isopropanoli kiehuu 82,4 asteessa. Huoneenlämpötilassa isopropanoli on väritöntä, läpinäkyvää nestettä, kun taas etanoli on vaaleankeltaista nestettä.
Liukoisuus vaihtelee: Isopropanoli ja etanoli liukenevat eri tavalla eri molekyylirakenteistaan. Isopropanolin liukoisuus veteen on 10,6 % (tilavuuden mukaan), kun taas etanolin isopropanolin liukoisuus on korkeampi, saavuttaen 50 % (tilavuus%).
Happamuus/tasapaino: Sekä isopropanoli että etanoli ovat alkoholeja, joilla on kohtalainen happamuus ja jotka kykenevät käymään läpi emäs{0}}katalysoituja reaktioita.
